Klubbhistorie
AaFK Fortuna ble stiftet 25. august 1991 under navnet Fotballklubben Fortuna Ålesund som en utbrytergruppe fra Sportsklubben Guard.
Etter fire år ble klubben sammenslått med Spjelkavik Idrettslag, tok over deres plass i seriesystemet, og spilte én sesong i 1. divisjon som Spjelkavik IL/Fortuna.
Året senere, i 1996, skiftet klubben navn igjen og ble Fortuna Ålesund.
På senhøsten 1999 ble Tone Haugen hentet inn som spillende trener, og ble værende i fire år.
Sesongen 2000 vant hun avdelingen i 1. divisjon, men tapte kvalifiseringen mot Liungen Idrettsforening og Fløya IF på målforskjell, som betød at klubben måtte fortsette i 1. divisjon. Klubben kvalifiserte seg imidlertid for den nasjonale 1. divisjon.
I sesongene som fulgte ble det tre sjetteplasser før Haugen takket av, og ble avløst av Magne Kvalø, som ledet laget til to femteplasser og en sjetteplass i 1. divisjon i løpet av sine tre sesonger som hovedtrener.
Svein Slinning tok over treneransvaret før 2007-sesongen, og var nære ved å lede laget til opprykk. Tap i siste runde mot Fotballaget Fart gjorde at det i stedet endte med 4.-plass.
Enda mer spennende ble det sesongen etter, da Fortuna knivet mot Medkila Idrettslag og Manglerud/Star om den siste opprykksplassen bak IL Sandviken. Avgjørelsen falt i siste runde da Fortuna vant 5-1 over Gjøvik Fotballklubb, mens Medkila tapte mot Fotballklubben Voss, som sørget for et historisk opprykk til øverste nivå for Fortuna Ålesund.
Dessverre ble det med én sesong i Toppserien. Etter bare tre poeng på 22 kamper ble det sisteplass og nedrykk til 1. divisjon.
Tilværelsen på nest øverste nivå varte frem til 2016-sesongen, som endte med nedrykk til 2. divisjon.
Magne Elde tok over laget før 2017-sesongen, og holdt på å lede laget tilbake til 1. divisjon på første forsøk, men tapte 1-6 i kvalifiseringen mot Nanset Idrettsforening.
Elde ledet imidlertid Fortuna Ålesund til gull i Norgesmesterskapet for J19 etter å ha slått Arna-Bjørnar 2-1 i finalen 17. november 2017.
Han ledet laget videre i 2018 og 2019, uten å rykke opp.
I forkant av 2020-sesongen inngikk Fortuna Ålesund en historisk samarbeidsavtale med Aalesunds Fotballklubb, som innebar en videreutvikling av FK Fortuna. Avtalen hadde i første omgang en varighet på tre år, og gjorde også at klubbnavnet ble endret til AaFK Fortuna, samt at laget skulle spille i AaFK-drakter.
AaFK Fortuna skulle være en adskilt organisasjon med egen økonomi og inntekter, men klubbene skulle ha et nært samarbeid for å utvikle klubbene videre.
2020-sesongen ble avbrutt på grunn av koronapandemien, men AaFK Fortuna var tilbake i seriespill i 2. divisjon fra og med sommeren 2021.
Under ledelse av Frode Fagermo vant laget alle sine ni seriekamper og sikret avdelingsseieren i 2. divisjon. I kvalifiseringen ble både Frigg og Bossekopp beseiret, som sikret opprykk til 1. divisjon og at klubben var tilbake på toppfotballnivå for første gang siden 2016.
I løpet av 2021-sesongen slo laget også Toppserie-laget Lyn med 4-1 i 2. runde av cupen på Aksla stadion - et absolutt høydepunkt i sesongen sammen med opprykket.
Retursesongen til 1. divisjon endte med sjetteplass totalt, før den påfølgende sesongen endte med tredjeplass - like bak 2.-plassen som ga opprykkskvalifisering.
17. februar 2023 ble også samarbeidsavtalen med AaFK forlenget ut 2024, med mål om enda tettere og forsterket samarbeid.